Eläintarhojen yhteistyö
Joskus on luonnonvaraisten kantojen ja uhanalaisen lajin selviytymisen tukemiseen luotava lajin keinotekoinen populaatio. Keinotekoinen populaatio muodostuu yksilöistä, jotka on jaettu eri eläintarhojen kesken, mutta joita käsitellään yhdessä. Jotta tällainen järjestelmä toimisi, on eläintarhojen toimittava tiiviissä yhteistyössä keskenään. Eurooppalaiset eläintarhat ovat mukana ”Uhanalaisten lajien eurooppalaisissa ohjelmissa” (EAZA Ex situ programme, EEP) eli yksinkertaisesti lisääntymisohjelmissa ja jokaiselle ohjelmalle on nimetty oma koordinaattori. Lajikoordinaattori seuraa populaation geneettisiä ja demografisia tunnuslukuja ja välittää kerättyjen tietojen perusteella eläintarhoille tietoa siitä, mitkä eläimet olisi pariteltava keskenään tai tarvittaessa lähetettävä toiseen eläintarhaan, jotta keinotekoinen kanta pysyisi elinkelpoisena. Lisääntymisohjelmissa toteutetaan eläinten siirrot eläintarhasta toiseen aina keskinäisen sopimuksen pohjalta ja yksikään laitos ei maksa eläimistä.
Euroopan ensimmäiset lisääntymisohjelmat perustettiin vuonna 1985 Antwerpenin eläintarhassa järjestetyn kokouksen jälkeen, jossa todettiin, että tällainen eläintarhojen välinen yhteistyö oli välttämätöntä. Tallinnan eläintarha osallistui vuonna 1993 jo 15 lisääntymisohjelmaan ja vuoden 2022 tiedoilla on osallistuttu 55 lisääntymisohjelmaan. Ohjelmaan osallistuneet lajit voi tunnistaa eläintarhassa ovaalinmuotoisesta merkistä, jossa on sarvikuonot ja kirjaimet EEP.
Vesikon lisääntymisohjelma
Vesikko on yksi maailman uhanalaisimmista pienpedoista. Veden lähellä viihtyvät vesikko oli 1900-luvun alussa Euroopassa yleinen laji, mutta tänä päivänä on sen levinneisyysalueesta tallella enää alle 5%. Vesikkojen kannan supistuminen on johtunut sopivien elinympäristöjen häviämisestä, ylimääräisestä metsästyksestä ja turkistarhoista karanneiden tammihiirien kanssa syntyneen kilpailun johdosta. Viron luonnossa tavattiin vesikkoja viimeksi vuonna 1996. Lajin säilyttämiseen ja luonnollisen kannan ennalleen palauttamiseen perustettiin vuonna 1992 koko Euroopan kattava vesikkojen lisääntymisohjelma (EEP), jota koordinoidaan Tallinnan eläintarhasta käsin. Ohjelmaan kuului ensimmäisenä vuonna vain 14 vesikkoa (joista 9 oli Tallinnan eläintarhassa), mutta vuosisadan vaihteesta lähtien vesikkoja lisääntymisohjelmassa ollut vuoden ympäri runsaat 200 yksilöä. Lähes puolet niistä elävät Tallinnan eläintarhan Euroopan suurimmassa vesikkojen lisääntymiskeskuksessa, jossa on tilaa noin sadalle yksilölle. Tällä hetkellä (2022) on vesikkojen lisääntymisohjelmassa mukana 15 eurooppalaista eläintarhaa ja on ilahduttavaa, että eläintarhojen kiinnostus vesikkoja kohtaan on jatkuvassa kasvussa.
Keinotekoisen kannan ylläpitämisen lisäksi on Tallinnan eläintarha on yhteistyössä Lutreola-säätiön kanssa osallistunut vesikkojen luontoonpalauttamiseen Hiidenmaalla ja Saarenmaalla.
Tammihiiri
Tammihiiri (Eliomys quercinus) on unikekojen heimoon kuuluva jyrsijä, joka tavattiin Viron luonnossa viimeksi vuonna 1986. Tammihiiren kanta on tähän mennessä luultavasti kuollut sukupuuttoon. Vuonna 2021 tuotiin eläintarhan lajinsuojelun tutkimuskeskukseen ensimmäiset tammihiiriyksilöt, tarkoituksena tutustua paremmin uhanalaiseen lajiin, luoda niille edellytykset lisääntymistä varten ja jos mahdollista, palauttaa ne Viron luontoon. Tallinnan eläintarhan tammihiiret kuuluvat Hollannin eläintarhan (GaiaZOO) hallinnoimaan keinotekoiseen populaatioon.