Ökoloogia on teadus, mis uurib organismide ja keskkonna (nii elus- kui eluta osade) vahelisi seoseid. Loomaaed on suurepärane keskkond, kus tutvuda lähemalt loomaökoloogiaga – põnevaid liike leidub nii kollektsioonis kui ka vabas looduses Rebasemäel, Veskimetsas jm. Juhendaja Uudo Timm on taustalt zooloog ning tegutsenud pikalt looduskaitse valdkonnas. Viimase aja teemadeks on olnud rohevõrgustik ja loomastiku, sh lendorava kaitse. Ökoloogia huviring toetab hästi ökoloogia teemaplokke nii põhikooli kui ka gümnaasiumi õppekavades.